쿄진타치 ZERO -prologue-

2년 전 그 가을, 케미 클럽(Chemie Club) 경찰청 수사 1과에 신입 한 명이 배치되었다.

그는 경찰청 정보과에 의해 처음부터 끝까지 결정되어 형식적인 절차로 전락해 버린 수사에 진절머리가 나 있었다.

그때, 수사 1과장인 한묘(Hanmyou)가 그에게 다가와 자신과 콤비를 맺지 않겠냐고 제안한다. 와타나베(Watanabe)는 왜 하필 신입인 자신을 택했는지 의아해하면서도 그 제안을 받아들인다.

얼마 후, 와타나베는 비밀 수사 명령을 받게 된다.

후쿠라스즈메(Fukurasuzume) 고등학교 2학년 학생인 시게무라(Shigemura)가 '넷섹트(Netsect)'와 관련이 있는지에 대한 의혹이 있었기 때문이다. '인터넷이 멈춘 날' 이후, '넷섹트'는 각국에서 공포된 인터넷 규제법에 반발하고 저항했던 해커 집단의 잔당으로 남아 있었다.

만약 시게무라가 '넷섹트'와 연관되어 있다면, 케미 클럽은 적절한 방식으로 그를 '처리'해야만 했다.

와타나베는 학교 내에서의 첫 비밀 수사를 시작한다.